DOCKING MOLEKULER SENYAWA AKTIF BUAH DAN DAUN JAMBU BIJI (Psidium guajava L.) TERHADAP PROTEIN SARS-CoV-2
DOI:
https://doi.org/10.51771/fj.v1i2.89Keywords:
Docking, Senyawa Aktif, Jambu biji, Main Protease, Sars Cov-2Abstract
Pada akhir 2019, terjadi wabah pneumonia baru berasal dari Wuhan, Provinsi Hubei yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2. Sehingga perlu dilakukan penghambatan protein virus tersebut sebagai salah satu penemuan kandidat obat baru. Tujuan penelitian untuk mencari bahwa senyawa metabolit sekunder yang terdapat dalam pada buah dan daun jambu biji (Psidium guajava L) mempunyai aktivitas sebagai antivirus dengan cara menghambat protein SARS-CoV-2. Metode docking molecular untuk memprediksi struktur kompleks protein-senyawa disebut docking protein-ligan. Penelitian dilakukan dengan analisis komputer terhadap senyawa aktif tanaman jambu biji dan memodelkan interaksi senyawa pada protein SARS-CoV-2 yang berperan sebagai antivirus. Software yang digunakan adalah PLANTS, YASARA, ChemSketch, dan Ligplus. Penelitian diawali dengan validasi internal pada salah satu reseptor SARS-CoV-2 dengan kode protein PDB.ID 6LU7. Proses docking dilakukan terhadap native ligand, senyawa kimia pada tanaman jambu biji, dan senyawa pembanding sebagai kontrol. Hasil penelitian menunjukkan bahwa score docking dari tiga senyawa metabolit sekunder terbaik masih lebih tinggi dibandingkan dengan ligan native-nya. Score docking kaemferol, kuersetin dan hyperin adalah -90.399, -92.012 dan -92.231 kkal/mol. Ikatan kompleks dengan ligan native masih lebih stabil (kuat) dibandingkan dengan kompleks antara protein dan senyawa aktif dari Jambu Biji.
References
Chakraborty, S., Afaq, N., SIngh, N., & Majumdar, S. (2018). Antimicrobial activity of Cannabis Sativa, Thuja orientalis and Psidium guajava leaf extracts against methicillin-resistant Staphylococcus aures. J. Integr. Med, 350-357.
Carneiro, B.M., Batista, M.N., Braga, A.C.S., Nogueira, M.L., Rahal, P. (2016). The green tea molecule EGCG inhibits Zika virus entry. Virology. 496:215–8.
Flobinus, A., Taudon, N., Desbordes. M., Labrosse, B., Simon, F., Mazeron, M-C. (2014). Stability and antiviral activity against human cytomegalovirus of artemisinin derivatives. The Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 34–40.
Gorbalenya A, B.S., Baric R., de Groot R., Drosten, C., Gulyaeva, A., Haagmans B, Lauber C, Leontovich A, Neuman B, Penzar D, Perlman S, Poon L, Samborskiy D, Sidorov I, Sola Ziebuhr J. (2020). The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nat Microbiol, 536- 544.
Huang, C., Wang, Y., Li X., Ren L., Zhao J., Hu Y. (2020). Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet. 395(10223):497-506.
International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). (2020) [27 Juli 2020]; Tersedia di: https://talk.ictvonline.org/.
Kim, D., et al. (2020) The Architecture of SARS-CoV-2 Transcriptome. Cell. 181(4): p. 914-921 e10.
Lu, R., et al. (2020). Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet, 565-574.
Manalu, R. T., Meheda, I. O., & Octaviani, C. (2021). Penghambatan Aktivitas HMG-CoA Reductase dari Senyawa Aktif Jahe (Zingiber officinale): Studi In-Silico Inhibition of HMG-CoA Reductase Activity from Active Compounds of Ginger (Zingiber officinale): In-Silico Study. 32–38.
Naqvi, A.A.T., et al. (2020). Insights into SARS-CoV-2 genome, structure, evolution, pathogenesis and therapies: Structural genomics approach. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis,. 1866(10): p. 165878.
Ni, W., et al. (2020) Role of angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) in COVID-19. Crit Care. 24(1): p. 422
Purnomo, H. (2011). Kimia Komputasi, Molecular Docking PLANTS. Yogyakarta: Pustaka Pelajar.
Rachamnia, R. A., Hariyanti, Zikriah, R., & Soultan, A. (2018). Studi In Silico Senyawa Alkaloid Herba Bakung Putih. Jurnal Kimia VALENSI: Jurnal Penelitian dan Pengembangan Ilmu Kimia, 124-136.
Roy S, He R, Kapoor A, Forman M, Mazzone JR, Posner G.H. (2015). Inhibition of human cytomegalovirus replication by artemisinins: effects mediated through cell cycle modulation. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 3870–9.
Rothan, H. A & Byrareddy S. N. (2020). The epidemiology and pathogenesis of coronavirus disease (COVID-19) outbreak. J Autoimmun. DOI: 10.1016/j.jaut.2020.102433.
Steinmann, J., Buer, J., Pietschmann T., & Steinmann, E. (2013). Anti-infective properties of epigallocatechin-3-gallate (EGCG), a component of green tea. British Journal of Pharmacology, 1059–73.
Tambunan , Usman Sumo Friend., Noval Amri., & Arli Aditya Parikesit. (2012) In silico design of cyclic peptides as influenza virus, a subtype H1N1 neuraminidase inhibitor. African Journal of Biotechnology, Vol. 11(52).
Wang, R. R., Gao, Y.D., Ma, C. H., Zhang, X. J., Huang, C. G., Huang, J. F., (2011). Mangiferin, an anti-HIV-1 agent targeting protease and effective against resistant strains. Molecules, 4264–77.
Wang, L., Lu, F., Liu, Y., Wu, Y., & Wu, Z. (2018). Photocatalytic degradation of organic dyes and antimicrobial activity of silver nanoparticles fast synthesized by flavonoids fraction of Psidium guajava L. leaves, J Mol Liq, 263, 187-192.
Wu, W., Li, R., Li X., He, J., Jiang, S., Liu, S., (2015). Quercetin as an antiviral agent inhibits influenza a virus (IAV) Entry. Viruses, 1-18.
Yan, R., et al. (2020). Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2. Science, 367(6485): p. 1444-1448.
Yoshimoto, F.K. (2020). The Proteins of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS CoV-2 or n- COV19), the Cause of COVID-19. Protein J, 198-216.
